しかしながら、2020年11月に入り、Covid-19感染者数が再び増加しはじめ、札幌市、大阪市、東京都及び広島市を目的地とする旅行の一時停止と、当該地域に居住する方の旅行の自粛が求められた。その後、年末年始の利用停止が公表され（2020年12月14日）、2021年１月７日の緊急事態宣言により、Go To トラベルは停止された。2023年５月末時点においてもGo To トラベルは2020年12月28日から停止されたままである。
その後、2021年11月19日に「新たなGo To トラベル」の計画が公表され、宿泊料の30％割引と割引率を縮小し、地域共通クーポンは平日3,000円、休日1,000円とした。しかしながら、Covid-19の感染状況が改善せず、実施されていない。
（地域観光事業支援）
Go To トラベルが停止された後、その残った予算を財源に、2021年４月１日より「地域観光事業支援」（以下、県民割）として県単位でその域内の旅行について同一域内に居住の方への支援が始められた。制度設計は全て都道府県において決定され、国からの支援金は１人泊当り5,000円かつ商品代金の50％を上限とされ、地域内限定のクーポン券は１人当たり2,000円とされた。都道府県の一部では、国からの支援金に上乗せする形で実施した地域もある。ただし、県民割は新型コロナウイルス感染症対策分科会が策定した基準でステージⅡ相当以下と判断した都道府県においてのみ実施される。このように、Go To トラベルと異なり、実施主体は国から都道府県に変更された。
また、実施期間は当初2021年５月末とされたが、その後順次延長された。2021年11月19日の「ワクチン・検査パッケージ」を活用した行動制限の緩和により、旅行対象地域についてが「隣県」に拡大され、さらに2022年４月から同一の地域ブロックにある都道府県に対象地域が拡大された。県民割は2022年10月10日まで続けられた。
（全国旅行支援）
「全国旅行支援」は県民割の対象地域を全国に拡大する形で、2022年10月11日から12月27日まで実施されることとなった。全国旅行支援では旅行代金の40％相当部分で上限が交通付きで8,000円、その他で5,000円とGo To トラベルより１旅行あたりの支援額は縮小されている。
その後、2023年１月以降も延長され、2023年１月10日から再開された。実施期間は2023年３月末とされているが、各都道府県の予算が無くなり次第終了することとされ、都道府県により期間が異なることとなる。ただし、支援額は縮小され、旅行代金から20%割引相当分で、１人１泊あたりの上限は交通付き旅行商品5,000円、その他3,000円とされている。
さらに、予算が残っている都道府県については、予算を使い切ることを目的に、2023年６月末まで延期されている
3。
3 多くの地域は６月30日を利用期限に設定している。しかし、北海道、山口県７月14日、福井県・沖縄県７月20日、青森県、宮城県７月21日と期限を長く設定している地域もある。
